Siglo XIII en adelante
La importancia de la Abadía en el contexto hispano fue tal que llegó a poseer su propia Universidad, privilegio concedido por Clemente VI en 1.347, con Benedicto XIII en 1.403 se podían cursar ya los estudios de Teología, Derecho Canónico y Artes Liberales, la institución alcanzó tal apogeo que llegó a intercambiar honores con la Universidad de Salamanca y proveyó de catedráticos a la de Alcalá de Henares, siendo matriz de la orden de San Benito en España hasta el siglo XVI.
Sahagún es también famoso por algunos de sus ilustres hijos. Destacó fraile agustino patrón de Salamanca y de Sahagún, San Juan de Sahagún. Famoso por su labor pacificadora entre las principales familias salmantinas, acabó con las luchas intestinas en el seno de la ciudad, y por sus conocidos milagros, la expresión ¡Tente necio! con la que el Santo detuvo a un toro bravo se recuerda todavía hoy con cariño en las calles salmantinas.
Menos citado es Fray Pedro Ponce de León, hijo natural de Ponce de León (conquistador de la Florida), a él corresponde la paternidad del sistema pionero en el lenguaje de los sordo mudos que recogió en su obra Arte de enseñar a hablar , escribir y entender lo escrito los Mudos, en la que años más tarde se basarían Juan Pablo Bonet y Manuel Ramírez de Carrión hasta perfeccionarlo. Aunque sin duda el hijo predilecto de la villa ha sido el cronista Fray Bernardino de Sahagún. Su titánica labor contribuyó de forma determinante al conocimiento de la cultura indígena americana, su figura se conforma como uno de los primeros defensores de los derechos humanos, denunció contundentemente muchos de los abusos cometidos por los conquistadores españoles, quinientos años después su obra se erige como uno de los principales documentos históricos y antropológicos sobre la América pre-hispánica, aunque también es recordado por algunas de sus reformas como la efectuada en el convento de Santa Cruz de Tlatelolco.
El correr de los siglos trajo la progresiva decadencia de la villa y de su Abadía, proceso acentuado con la desamortización de Mendizabal, que acabó casi definitivamente con la intensa vida religiosa de la villa desde tiempos de Alfonso VI.
La rica historia de la localidad no se acaba aquí, ya que Sahagún ostenta el título de "Muy Ejemplar Ciudad" con motivo de ser, junto con las ciudades de Jaca y Eíbar, una de las primeras poblacionesl en proclamar la República en la madrugada del 14 de Abril de 1.931, lo cual muestra una vez más la proverbial tolerancia y liberalidad de sus gentes.
